Tal como explicó Fundar, hay varios instrumentos y procedimientos para el monitoreo de la implementación del PDHDF. El primero, la Ley PDHDF, requiere que todas las instituciones públicas- como el ejecutivo, la legislatura, los órganos judiciales – monitoreen su cumplimiento con sus obligaciones en términos de los derechos humanos. Segundo, el órgano principal es el Comité de Seguimiento y Evaluación del PDHDF, compuesto por autoridades públicas, organizaciones de la sociedad civil y las instituciones académicas. Tal comité coordina la participación en sus procesos de la toma de decisiones e informa periódicamente sobre la implementación del programa. En tercer lugar, existen 24 ‘espacios’ para facilitar la participación en la implementación y monitoreo del PDHDF. Dichos espacios actúan como grupos temáticos con un secretariado. Están divididos según temas prioritarios (ej. la democracia y los derechos humanos, la justicia, la seguridad humana), y grupos de población (ej. los niños, los jóvenes, las personas con discapacidades) identificados por el PDHDF.
Varios comentarios se referían a los retos para asegurar que el monitoreo de una política basada en los derechos sea efectiva, especialmente cuando tal política sigue en su etapa inicial. Las experiencias del pasado nos muestran que, con bastante frecuencia, existe una falta de participación de los funcionarios, las personas con autoridad de tomar decisiones, e incluso los grupos de la sociedad civil. La naturaleza no-vinculante de las recomendaciones del Comité, la falta de independencia del gobierno del mismo, y la limitada capacidad institucional del secretariado también presentan retos al cambio efectivo. Además, algunos comentarios preguntaron por las opciones de diseminar información sobre el PDHDF a nivel local, para así asegurar que la comunidad pueda interactuar con los varios mecanismos de monitoreo.